农村菜园的确权流程一般包括以下几个步骤：
准备前期资料
收集整理承包合同、土地承包台账、登记簿、农户信息等资料，形成农户承包地登记基本信息表。
制作用于调查和实测的基础工作底图。
入户权属调查
根据基础工作底图和农户承包地登记基本信息表，入户实地进行承包地块权属调查，由农户进行确认。
对存在争议的地块，待争议解决后再登记。
测量地块成图
按照农村承包土地调查技术规范对承包地块进行测量和绘图，并标注地块编码和面积，形成承包土地地籍草图。
公示审核
由村、组土地承包经营权确权登记工作组审核地籍草图后，在村、组公示。
有异议的，及时进行核实、修正，并再次公示；无异议的，由农户签字确认后作为承包土地地籍图，由村组上报乡（镇）人民政府。
乡（镇）人民政府汇总并核对后上报县（市、区）人民政府。
建立登记簿
根据乡镇上报的登记资料，由县（市、区）农村土地承包管理部门按照统一格式建立土地承包经营权登记簿。
递交书面申请
需要向村委会提交书面申请，并填写申请表。
村委会对申请进行审核，签署意见并加盖公章后，将申请材料上报给乡镇政府。
乡镇政府审核
乡镇政府会对上报的资料进行现场勘测和审查，审查合格后上报给县国土资源局。
县国土资源局审核
县国土资源局接到资料后，会进行资料审核，并到现场进行勘测。
县政府审批
审核合格后，报县政府进行审批。