工程协议的盖章步骤如下：
签字人资格确认
合同的签字人应当是当事人本人，或单位的法定代表人、负责人，或经授权的部门机构的负责人、代理人。对于后者，应当提供书面法人授权书，明确授权范围、时间、对象等，并由授权人或授权单位盖章或法定代表人签字。
盖章与主体一致
盖章应与订立合同的主体相符，避免出现合同当事人一栏与盖章主体不同的情况，以减少合同履行和主体确定的麻烦。
盖章位置
一般在落款处盖章，确保盖章完整。也可以选择盖骑缝章，将每一页在侧面错开，保证每一页都露出一小部分，面积大小要略大于印章的大小，蘸取少量印油后将印章按压到错开的多页文件侧边上，印油干透后再次展开检查是否有漏盖的页面，如有漏盖应当再次加盖。
签字方式
签字时最好用蓝黑色的墨水，易于分辨是否是原件。建议采用页签方式，即每页均有签字，以增加合同的可追溯性和真实性。
合同内容确认
在签订合同前，应仔细阅读合同条款，确保内容完整、准确、清晰。如有疑问，应及时与对方沟通。建议由专业律师进行审核，以确保合同的合法性和有效性。
审批流程
合同预算部负责起草、谈判和组织会签，各相关部门按照规定进行合同审批。审批全部完成后，合同预算部将审批意见与最终签字、盖章的合同文本对照，无误后办理签字盖章手续。
通过以上步骤，可以确保工程协议的合法性和有效性，减少后续纠纷的风险。